桑树EST—SSR引物开发

作者: 高丽霞

关键词: 桑树 EST—SSR 引物开发 EST数据库多态性

摘要：【目的】利用桑科的EST数据库进行桑树EST—SSR引物开发，为丰富桑树SSR数据库提供参考。【方法】下载NCBI中桑科的EST数据库，进行序列处理及拼接后，用SSRIT搜索其中的SSR位点，以Primer Premier 5．0设计引物，选用5个桑树品种各5株样品进行多态性引物筛选。【结果】下载的EST拼接后得到2008条拼接片段（contig），共搜索到831个SSR位点，分布在799个contig中。二、三核苷酸重复基元是主导类型，分别占总SSR的66．06％和32．37％；TC／AG和CT／GA是二核苷酸优势重复基元，分别占二核苷酸总数的28．64％和25．87％。设计合成77对EST—SSR引物，其中46对能够扩增出有效条带；经多态性筛选，26对引物可扩增出多态性条带。【结论】利用桑属近缘属的EST序列进行桑树EST—SSR引物的开发是可行的；开发出的26对多态性引物可用于桑树遗传多样性分析和种质鉴定等。

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桑树EST—SSR引物开发

作者: 高丽霞

关键词: 桑树 EST—SSR 引物 开发 EST数据库 多态性

关键词: 桑树 EST—SSR 引物开发 EST数据库多态性