江口萝卜猪STAT3基因多态性及生物信息学分析

作者:吴雪张继邱淦远杨茂林刘若余

关键词: 江口萝卜猪; STAT3基因; SNP位点; 错义突变; 生物信息学;

摘要：【目的】明确碱基突变对江口萝卜猪STAT3基因mRNA二级结构及其编码蛋白二、三级结构的影响,为更好地开发利用江口萝卜猪种质资源打下基础。【方法】利用江口萝卜猪血样提取基因组DNA构建DNA池,采用混合DNA池结合PCR产物直接测序的方法对STAT3基因进行多态性分析,筛选出SNP多态位点及估算等位基因频率,并进行生物信息学分析。【结果】从江口萝卜猪血样中扩增获得STAT3基因的24个外显子,并筛选出7个SNPs位点,分别是:Exon2-A19>C、Exon2-G20>C、Exon2-G74>A、Exon4-T81>A、Exon5-G57>A、Exon5-C64>A和Exon22-C43>A。其中,Exon2-G74>A、Exon4-T81>A和Exon5-G57>A为同义突变,不改变其编码氨基酸序列;Exon2-A19>C、Exon2-G20>C、Exon5-C64>A和Exon22-C43>A为错义突变,会导致其编码氨基酸发生改变。Exon22-C43>A突变后致使最小自由能降低为-755.90 kcal/mol,结构稳定性增强;Exon2-A19>C、Exon5-G57>A和Exon5-C64>A突变均促使最小自由能增加,分别为-754.00、-753.40和-752.60 kcal/mol,且导致m RNA二级结构改变,结构稳定性降低,其中Exon5-G57>A突变导致mRNA二级结构完全改变。Exon2-A19>C、Exon2-G20>C、Exon5-C64>A和Exon22-C43>A突变均可导致编码蛋白二、三级结构的改变,具体表现为α-螺旋增加、β-折叠减少,而无规则卷曲除Exon2-A19>C突变呈增加趋势外,其他突变均呈减少趋势。其中,Exon2-G20>C突变对蛋白二级结构影响最大,而Exon2-A19>C突变的影响最小。【结论】从江口萝卜猪STAT3基因的24个外显子上检测出7个SNPs位点,其中Exon2-A19>C、Exon2-G20>C、Exon5-C64>A和Exon22-C43>A 4个为错义突变,除了造成编码氨基酸改变外,还导致mRNA及编码蛋白二、三级结构的改变,进而可能对STAT3蛋白的功能造成影响。

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江口萝卜猪STAT3基因多态性及生物信息学分析

作者:吴雪 张继 邱淦远 杨茂林 刘若余

关键词: 江口萝卜猪; STAT3基因; SNP位点; 错义突变; 生物信息学;

作者:吴雪张继邱淦远杨茂林刘若余