白芨内生细菌组成及多样性分析

作者: 陈泽斌 [1] 李冰 [2] 王定康 [3] 徐胜光 [4] 刘佳妮 [4] 余磊 [4] 张永福 [4] 任禛

关键词: 高通量测序白芨内生细菌多样性

摘要：[目的]调查白芨内生细菌种类及多样性,为更好地保护和开发利用白芨资源提供科学依据.[方法]应用Illumina MiSeq高通量测序技术测定白芨内生细菌的16S rDNA-V4变异区序列,应用Qiime和Mothur等软件整理和统计样品序列数目和操作分类单元(OTUs)数量,分析物种丰度及分布的差异.[结果]获得用于分析的有效序列和OTU数为49550/48;稀释曲线表明测序深度充分,OTU的数量接近于饱和.白芨内生细菌主要分布于鞘脂单胞菌属(Sph ingomonas,3226％)、地杆菌属(Pecobacter,16.13％)、盐单胞菌属(Halomonas,16.13％)、土壤杆菌属(Agrobacterium,12.90％)、Kaistobactc届(6.45％)、希瓦氏菌属(Shcwanclla,6.45％)、假单胞菌属(Pseudomonas,6.45％)和短波单胞菌属(Brevundimonas,3.23％)8个属.[结论]鞘脂单胞菌属、地杆菌属、盐单胞菌属和土壤杆菌属是白芨内生细菌的优势种群.Illumina MiSeq高通量测序技术能准确反映植物内生微生物的种类组成和真实比例,在植物内生微生物研究中具有明显的优势和可行性.

白芨内生细菌组成及多样性分析

作者: 陈泽斌 [1] 李冰 [2] 王定康 [3] 徐胜光 [4] 刘佳妮 [4] 余磊 [4] 张永福 [4] 任禛

关键词: 高通量测序 白芨 内生细菌 多样性

关键词: 高通量测序白芨内生细菌多样性