香蕉基因组密码子使用偏好性分析

作者: 曲俊杰 [1] 黄羽 [2] 卢江 [3] 魏征 [4] 尹玲 [1]

关键词: 香蕉基因组密码子偏好性最优密码子

摘要：[目的]分析香蕉基因组的密码子组成及使用偏好性,探讨影响密码子偏好性形成的主要因素,为提高香蕉外源基因的表达水平及转基因抗病育种提供参考.[方法]以香蕉基因组的36242条高置信蛋白编码基因CDS序列为研究对象,运用CodonW 1.4.4统计分析香蕉基因组的密码子组成及使用参数,确定最优密码子,并分析密码子使用参数间相关性.[结果]从香蕉基因组数据中筛选获得36242个高置信蛋白编码基因CDS序列,平均长度为1035 bp,GC含量为3.0％～75.8％,其中低于20.0％的仅13个序列,全基因组中GC总含量为50.4％;同义密码子第3位出现G或C的频率为52.9％,比出现A或T的频率高.香蕉基因组的有效密码子数(ENC)介于20.0～61.0,平均为50.7;共有17个最优密码子,其中有15个密码子的第3位是G或C;基因编码区的长度和ENC存在正相关,随着基因编码区长度的增加,对以G或C结尾的密码子使用偏好性逐渐降低,且编码区长度为400～600 bp的基因具有较高的基因表达水平.[结论]香蕉基因组中多数基因的密码子使用偏好性较弱,但少部分基因具有强偏好性,偏好使用以G或C结尾的密码子,且偏好性受核苷酸组成、基因突变及自然选择等因素的影响.

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香蕉基因组密码子使用偏好性分析

作者: 曲俊杰 [1] 黄羽 [2] 卢江 [3] 魏征 [4] 尹玲 [1]

关键词: 香蕉 基因组 密码子偏好性 最优密码子

关键词: 香蕉基因组密码子偏好性最优密码子