叶蝉EST资源的微卫星信息分析

作者: 胡德辉 [1] ; 焦晓真 [2] ; 桑洪玉 [2] ; 邱永福 [2] ; 李容柏 [1,2]

关键词: 叶蝉 EST SSR EST—SSR 引物筛选

摘要：【目的】分析叶蝉EST序列信息，为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础。【方法】利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计，并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计，开发出SSR标记。【结果】11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb。按照引物筛选设定的参数，筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列，占总EST序列的17．6％；其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物，平均间距为2．63kb。在2～5个核苷酸重复中，3个核苷酸重复为优势基序，占总基序的77．3％，尤以AAT类最丰富，占3个核苷酸重复总数的40．7％；双核苷酸重复中，AG类所占的比例最大，为39．1％。【结论】从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物，以3个核苷酸重复基序所占比重最大。

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