油桐ACPase基因克隆及生物信息学分析

摘要：【目的】克隆油桐酸性磷酸酶（ACPase）基因的全长序列，为进一步分析油桐ACPase的功能奠定基础。【方法】根据油桐转录组酸性磷酸酶蛋白全长序列设计引物，利用RT-PCR从油桐种子中克隆ACPase基因，对其cDNA序列、核苷酸序列的相似性、理化性质、疏水性、跨膜结构、二级结构及三级结构进行分析预测，同时进行多序列比对并构建系统树。【结果】克隆获得油桐ACPase基因，其开放阅读框为1152 bp，编码383个氨基酸残基，相对分子质量为40.94 kDa，理论pI为5.30，属可溶性不稳定蛋白。同源性和进化树的预测分析结果显示，油桐ACPase与毛果杨的ACPase蛋白同源性达84%。油桐ACPase存在磷酸酶基因家族的保守区域，ACPase编码蛋白的大部分氨基酸属于亲水性氨基酸。其蛋白二级结构主要由不规则卷曲、α-螺旋和β-折叠构成。ACPase蛋白包含1个跨膜螺旋区域，其相应氨基酸位置在136-156；包含1个疑似跨膜域，其相应氨基酸位置在255-275；每个跨膜结构域为由20个氨基酸残基组成的螺旋，同时跨膜蛋白的N端和C端位于细胞膜胞质的一侧。【结论】油桐ACPase基因的表达可能与其体内磷营养的分解利用等过程有关。