荨麻科植物DNA条形码的筛选

摘要：【目的】评价不同DNA条形码候选序列对荨麻科植物的鉴别能力,为荨麻科植物鉴定提供参考。【方法】使用ITS、matK、rbcL和psbA-trnH序列的通用引物对荨麻科植物进行PCR扩增和测序,比较各序列的扩增效率、测序成功率,分析获得序列的碱基组成及变异,比较种间和种内变异的差异,并对条形码间距进行评估。【结果】psbA-trnH序列在荨麻科植物13个种30个样品中的扩增成功率最高（100.0%）。psbA-trnH的有效序列获得率最高,为95.4%,ITS为92.3%,rbcL为90.1%,matK为零。ITS序列种间遗传距离范围为0~0.508,psbA-trnH序列为0~0.522,rbcL序列为0~0.532。ITS序列在种间、种内的差异变异及条形码间距较rbcL与psbA-trnH具有更明显的优势。ITS序列构建的系统发育树中不同物种形成单系分支的百分比最高,其次为psbA-trnH、rbcL序列。聚类结果表明,MP法的聚类效果最好,其次为UPGMA法、ML法,NJ法最不理想。【结论】荨麻科植物种间变异明显大于种内变异,DNA条形码适用于荨麻科植物种水平上的鉴定;3个候选序列中无任何一个序列可完全鉴别出不同种类的荨麻科植物,ITS、rbcL与psbA-trnH可作为鉴别荨麻科植物的DNA条形码序列组合。